私立雷公学園が開催した『命刻祭』。それは、持ち主に様々な能力をもたらす『戦椿符』を奪い合う大会。
優勝すれば、どんな願いでも一つだけかなえて貰えるという。

主人公、加藤翔一はわけもわからないうちにその戦いに巻き込まれてしまう。
そのピンチに、雷の如く和装の少女が現れる。しかし、彼女は翔一を助けるために現れたわけではなかった！

「ここは――戦場っ？　ならば切り抜けるまで！」

追われる身から一転。今度は謎の少女に刃物を突きつけられる羽目になる翔一。
彼女こそ、時空を超えて現れた戦国時代の忍者『猿飛佐助』であった。

問題はそれだけでは終わらない。
現代に生きる２６代目『風魔小太郎』や、自らを『服部半蔵の生まれ変わり』という少女。
そして、翔一を命刻祭へと誘い込む、翔一と瓜二つの謎の男の存在。

命刻祭に何者かの策謀を見た翔一は、その真相に挑むために。
そして、『猿飛佐助』を名乗る少女を元の時代に戻してやるために、命刻祭への参加を決意するのだった。